Джованни, глава Команды R, нанял доктора Фудзи для создания суперсолдата. Ученый использовал ДНК легендарного Мью и вывел нового покемона — Мьюту. Когда Мьюту подрос, он узнал правду о своем происхождении. Его разозлило, что люди видят в нём только результат эксперимента. В гневе Мьюту уничтожил лабораторию и всех, кто там работал. Сначала Джованни убедил Мьюту работать на него, но покемон быстро понял, что его хотят использовать как оружие. Он сбежал на остров и решил отомстить всему человечеству. Мьюту построил там базу и разослал приглашения сильным тренерам. Он хотел доказать, что его клоны сильнее обычных покемонов. Эш, Мисти и Брок отправились туда. Начался сильный шторм, и лодки перестали ходить. Ребятам пришлось добираться до острова на своих покемонах. Там они встретили других тренеров и самого Мьюту. Оказалось, что он похитил медсестру Джой и внушил ей свою волю. Мьюту выставил против гостей армию клонов. Те легко победили, после чего Мьюту забрал покемонов тренеров, чтобы создать ещё больше копий. Эш попытался спасти своего Пикачу и пробрался в лабораторию. Он разрушил машину для клонирования и вывел всех покемонов на бой. В этот момент появился настоящий Мью. Началась жестокая битва между оригиналами и клонами. Эш не мог смотреть, как покемоны мучают друг друга. Он выбежал на середину поля, чтобы остановить сражение, и попал под удар двух мощных сил. Из-за этого Эш превратился в камень. Пикачу плакал и пытался оживить друга током, но ничего не помогало. Остальные покемоны тоже начали плакать от горя. Случилось чудо: их общие слезы вернули Эша к жизни.