История Мьюту начинается в секретной лаборатории на отдаленном острове, где группа ученых по заказу Команды Ракета проводит опасный генетический эксперимент. Им удается заполучить фрагмент ДНК легендарного Мью, способного обучаться любым техникам, и на его основе создать клона — идеальную боевую машину. Однако Мьюту оказывается не просто сильным существом, а личностью с острым чувством собственного «я». Осознав, что он — лишь искусственная копия и инструмент в руках людей, покемон приходит в неописуемую ярость и уничтожает лабораторию вместе со своими создателями. На руинах его находит Джиованни, лидер Команды Ракета. Он предлагает разгневанному существу сделку: контроль над силой в обмен на сотрудничество. Джиованни заковывает Мьюту в доспехи, подавляющие волю, и использует его для захвата чужих покемонов. Но вскоре Мьюту понимает, что его снова обманули и превратили в раба. Он окончательно разочаровывается в человечестве, сбегает на свой остров и решает доказать всему миру, что клоны превосходят оригиналы. Чтобы осуществить свой план мести, Мьюту рассылает приглашения сильнейшим тренерам, называя себя величайшим Мастером Покемонов. Среди приглашенных оказываются Эш, Мисти и Брок. Несмотря на поднятый Мьюту шторм, герои добираются до острова, где попадают в ловушку: хозяин острова похищает их покемонов, чтобы создать их черных клонов. Начинается жестокое противостояние, в которое вмешивается и сам легендарный Мью. Глядя на бессмысленную битву, Эш бросается под перекрестный удар двух легенд и превращается в камень. Только искренние слезы покемонов, оплакивающих тренера, совершают чудо и возвращают Эша к жизни. Увидев это проявление чистой любви и самопожертвования, Мьюту осознает, что обстоятельства рождения не определяют судьбу, а ценность жизни зависит от того, как ты ею распорядишься. Он стирает память свидетелям и улетает вместе с другими клонами, чтобы найти свой путь в этом мире.
